Năm 1572, ngai vàng của Thịnh vượng chung Ba Lan - Litva đã bị bỏ trống khi Vua Sigismund II Augustus qua đời mà không có người thừa kế. Nghị viện họp và quyết định bầu vua Henri III của Pháp làm quốc vương Ba Lan vào năm 1573. Mãi đến khi ở nước Pháp, vua anh là Charles IX của Pháp vừa qua đời thì Henri rời ngôi vua Ba Lan về Pháp, Stefan Batory quyết định ứng cử cho ngôi vua Ba Lan. Stefan nhanh chóng đánh tan hoàn toàn địch thủ Gáspár Bekes ở trận Sinpaul[2], loại luôn kẻ đang tranh ngôi vua Ba Lan-Litva

Vào ngày 12 tháng 12 năm 1575, sau hơn một năm rưỡi họp hành thì Tể tướng của Ba Lan Jakub Uchański, đại diện cho một phe ủng hộ Habsburg, tuyên bố Maximilian II làm vua mới. Tuy nhiên, thủ tướng Jan Zamoyski và các đối thủ khác của Habsburgs đã thuyết phục nhiều người quý tộc nên đề cử một người theo dòng họ Piast[2] lên ngôi vua Ba Lan. Sau nhiều cuộc thảo luận dữ dội, cuối cùng Nghị viện quyết định bầu Anna Jagiellon làm Nữ hoàng Ba Lan và Nữ Đại công tước Litva vào ngày 13 tháng 12 năm 1575. Tháng 1/1576, Stefan giao quyền lãnh đạo công quốc Transylvania cho anh trai là Christopher Báthory và rời đi tới Ba Lan. Ngày 1 tháng 5 năm 1576 Stefan cưới Anna[3] và được phong hai vương hiệu Vua Ba Lan và Đại công tước Litva (de facto King consort).